Samsun Üniversitesi Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, 18 Mayıs 2018 tarihli resmi gazetede yayınlanan “Yükseköğretim Kanunu İle Bazı Kanun ve Kanun Hükmünde Kararnamelerde Değişiklik Yapılmasına Dair Kanun” kapsamında 7141 sayılı kanunun MADDE 7’de belirtilen 2809 sayılı Kanununa eklenen ek maddelerinin EK MADDE 185 ile Samsun Üniversitesi bünyesinde kurulmuştur.
Enstitüde yürütme görevini yapan Enstitü Yönetim Kurulu, Enstitü Müdürü, Müdür Yardımcıları ve Enstitü Kurulu’nca seçilmiş olan üç öğretim üyesi olmak üzere altı üyeden oluşmaktadır.
Enstitü Müdürünün başkanlığını yaptığı Enstitü Kurulu ise Enstitü Müdür Yardımcıları ile Anabilim Dalları Başkanlarından oluşmakta ve üst akademik organ olarak Yüksek Öğretim Kanunu ile fakülte kurullarına verilmiş olan görevleri enstitü bakımından yerine getirmektedir.
Lisansüstü Eğitim Enstitüsü’nde 5 doktora, 18 tezli yüksek lisans ve 3 uzaktan öğretim tezsiz yüksek lisans olmak üzere toplam 26 program mevcuttur.
| Tezli Programlar (23) | Tezli Programlar (23) | Tezsiz Programlar (3) | Tezsiz Programlar (3) |
| Doktora (5) | Yüksek Lisans (18) | Örgün Eğitim (-) | Uzaktan Öğretim (3) |
| Elektrik-Elektronik Mühendisliği | Biyomedikal Mühendisliği | Siyaset Bilimi ve Kamu Yönetimi | |
| Makine Mühendisliği | Coğrafya | Sosyoloji | |
| Siyaset Bilimi ve Kamu Yönetimi | Ekonomi | Uluslararası Ticaret | |
| Sosyoloji | Elektrik-Elektronik Mühendisliği | ||
| Uluslararası Ticaret ve İşletmecilik | Endüstri Mühendisliği | ||
| Genel Psikoloji | |||
| Kamu Yönetimi | |||
| Makine Mühendisliği | |||
| Meteoroloji Mühendisliği | |||
| Mimarlık | |||
| Sosyoloji | |||
| Tarih | |||
| Temel İslam Bilimleri | |||
| Tıbbi Mikrobiyoloji | |||
| Türk Dili ve Edebiyatı | |||
| Uçak ve Uzay Mühendisliği (%30 İngilizce) | |||
| Uluslararası Ticaret ve İşletmecilik | |||
| Yazılım Mühendisliği |
